Wstępna charakterystyka bakteriofaga Serratia φOS10/Wyniki i dyskusja/Badanie jednego etapu replikacji (ang. One-Step Growth) faga φOS10/Badanie czasu latencji i wielkości wyrzutu fagowego
Po przeprowadzeniu procedury opisanej w Podrozdziale 4.19.3 ustalono, że MOI wynosi 1/283 (≈0,0035), czyli daleko poniżej wartości 1,0 – dzięki czemu, w oparciu o opisany wcześniej rachunek statystyczny, przyjąć można było, iż u ponad 99,82% zainfekowanych komórek infekcja zachodziła z udziałem dokładnie 1 cząstki infekcyjnej. W związku z tym uznano, iż każda łysinka na szalce pochodziła od jednej cząstki infekcyjnej. Na Rycinie 26 przedstawiono szalki z widocznymi łysinkami, których jest odpowiednio mniej przed wysypem cząstek infekcyjnych (szalka A1) oraz odpowiednio więcej po wysypie cząstek infekcyjnych (szalka A11). Czas latencji oraz plon fagowy ustalono w oparciu o czynności opisane w Podrozdziale 4.19.3. Wyniki zebrane w Tabeli 12 zaprezentowano na poniższym wykresie (Rycina 27)
| Numer pomiaru |
Czas (min) |
Ilość łysinek (A) |
PFU/ml (A) |
Ilość łysinek (B) |
PFU/ml (B) |
| 1 | 6 | 83 | 830 | ||
| 2 | 21 | 96 | 960 | ||
| 3 | 36 | 76 | 760 | ||
| 4 | 51 | 71 | 710 | ||
| 5 | 66 | 69 | 690 | ||
| 6 | 81 | 80 | 800 | ||
| 7 | 86 | 92 | 920 | ||
| 8 | 91 | 67 | 670 | 8 | 800 |
| 9 | 96 | 92 | 920 | 11 | 1100 |
| 10 | 101 | 101 | 1010 | 7 | 700 |
| 11 | 106 | 97 | 970 | 31 | 3100 |
| 12 | 111 | 407 | 4070 | 20 | 2000 |
| 13 | 116 | 389 | 3890 | 22 | 2200 |
| 14 | 121 | 554 | 5540 | 49 | 4900 |
| 15 | 126 | 330 | 33000 | ||
| 16 | 131 | 270 | 27000 | ||
| 17 | 136 | 146 | 14600 | ||
| 18 | 141 | 233 | 23300 | ||
| 19 | 146 | 234 | 23400 | ||
| 20 | 151 | 125 | 12500 |
Plon fagowy, czyli średnia ilość cząstek fagowych uwalniających się z jednej zainfekowanej komórki, obliczono jako stosunek miana dla górnego plateau do miana dolnego plateau (Rycina 28).
Wartość otrzymana w obliczeniach z Ryciny 15 wymagała weryfikacji, ponieważ obliczono ją w oparciu o górne plateau, które dla 2 pomiarów nie osiągnęło istotności statystycznej. W związku z tym wykonano drugie podejście, tym razem jednak zwiększając ilość pomiarów, aby przy tych samych warunkach osiągnąć stabilne górne plateau. W rezultacie uzyskano 3 niewspółliniowe wykresy: dla kolby A, kolby B i kolby C (Rycina 29).
Jako przyczynę powstania niewspółliniowych wykresów uznać można dotychczasowe wykorzystywanie kolb B i C jako kolejnych rozcieńczeń zawartości kolby A. Jest to technika obarczona dużym błędem, ponieważ potencjalne błędy w pipetowaniu są utrwalane w następnych pomiarach. Ponieważ w żadnym z dwóch powtórzeń nie uzyskano istotnego statystycznie plateau po wysypie cząstek fagowych (ang. burst), następne 2 podejścia wykonano z wprowadzeniem modyfikacji opisanymi w Podrozdziale 4.19.3. Na każdej szalce wykonano po 2 powtórzenia z uwzględnieniem rozcieńczeń (Rycina 30). Wyniki zestawiono w formie Tabeli 13, a następnie zobrazowano w formie wykresu (Rycina 31).
| Numer pomiaru |
Czas (min) | 10 0 | 10 - 1 | 10 - 2 | 10 - 3 | ||||
| powt. | średnia | powt. | średnia | powt. | średnia | powt. | średnia | ||
| A1 | 5 | I: 27 | 26,9 | I: 3 | 3,24 | I: 0 | -0,03 | I: 0 | 0 |
| II: 32 | II: 4 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A2 | 10 | I: 31 | 31,2 | I: 2 | 2,42 | I: 1 | 0,49 | I: 0 | 0 |
| II: 33 | II: 3 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A3 | 15 | I: 30 | 25,35 | I: 4 | 3,44 | I: 1 | 0,49 | I: 0 | 0 |
| II: 22 | II: 3 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A4 | 30 | I: 23 | 22,65 | I: 4 | 2,87 | I: 2 | 0,99 | I: 0 | 0 |
| II: 25 | II: 2 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A5 | 45 | I: 28 | 25,15 | I: 3 | 2 | I: 0 | -0,01 | I: 0 | 0 |
| II: 25 | II: 1 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A6 | 60 | I: 37 | 31,15 | I: 1 | 2,5 | I: 0 | -0,01 | I: 0 | 0 |
| II: 28 | II: 4 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A7 | 75 | I: 31 | 24,15 | I: 0 | 1,5 | I: 2 | 0,99 | I: 0 | 0 |
| II: 20 | II: 3 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A8 | 85 | I: 31 | 26,65 | I: 8 | 5,5 | I: 0 | -0,01 | I: 0 | 0 |
| II: 25 | II: 3 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A9 | 90 | I: 34 | 29,65 | I: 4 | 5 | I: 0 | 0,49 | I: 0 | 0 |
| II: 28 | II: 6 | II: 1 | II: 0 | ||||||
| A10 | 95 | I: 39 | 28,15 | I: 1 | 1 | I: 0 | -0,01 | I: 0 | 0 |
| II: 20 | II: 1 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A11 | 100 | I: 50 | 44,65 | I: 4 | 3,5 | I: 0 | -0,01 | I: 0 | 0 |
| II: 42 | II: 3 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A12 | 105 | I: 83 | 73,65 | I: 40 | 22 | I: 2 | 0,97 | I: 0 | 0 |
| II: 67 | II: 4 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A13 | 110 | I: 45 | 52,15 | I: 4 | 4,5 | I: 0 | -0,01 | I: 0 | 0 |
| II: 62 | II: 5 | II: 0 | II: 0 | ||||||
| A14 | 120 | I: 113 | 150,15 | I: 13 | 21 | I: 0 | 0,49 | I: 0 | 0 |
| II: 190 | II: 29 | II: 1 | II: 0 | ||||||
| A15 | 130 | I: 131 | 145,65 | I: 104 | 85 | I: 2 | 4,49 | I: 0 | 0 |
| II: 163 | II: 66 | II: 7 | II: 0 | ||||||
W oparciu o uzyskane wyniki ustalono, że w wyniku infekcji jedną cząstką fagową powstaje średnio od 28 do 40 cząstek fagowych. Jest to wynik dość dokładny, odnosząc go do analogicznych badań, w których plon fagowy podaje się jako przybliżenie do wielokrotności liczby 100 [Lin i in., 2010]. Czasu latencji nie dało się dokładnie ustalić. Wiadomo jednak, że wynosi od 105 do 120 minut. Czas ten podano w formie przedziału, a nie dokładnej wartości, ze względu na kilka okoliczności:
- Wysyp cząstek fagowych niejednokrotnie rozpoczynał się w różnych momentach dla różnych rozcieńczeń w ramach tej samej próby biologicznej.
- Przy zachowaniu tych samych warunków eksperymentu komórki mogły cechować się innym stanem fizjologicznym, co wpływa na szybkość cyklu infekcyjnego.
- Warunki prowadzenia eksperymentu umożliwiały pobór prób z niemniejszą częstotliwością niż jeden pobór co 5 minut.
Wynik cechuje się podobną (lub też niewiele większą) dokładnością względem analogicznych badań uzyskanych dla innych bakteriofagów [Daugelavičius i in., 2007]. Badanie przeprowadzone według zmodyfikowanej procedury odbyło się w jednym powtórzeniu. W związku z tym, dla większego uwiarygodnienia wyników należałoby wykonać kolejne powtórzenia tej procedury.
Dodatkowe informacje o autorach i źródle znajdują się na stronie dyskusji.