Wstępna charakterystyka bakteriofaga Serratia φOS10/Metody/Analiza bioinformatyczna/Adnotacja otwartych ramek odczytu
Wykryte ORFy (Podrozdział 4.17.1) wizualizowano przy pomocy programu Artemis (Podrozdział 1.6.2), a wygenerowane w nim sekwencje aminokwasowe produktów białkowych wykrytych ORF-ów dopasowywano do zdeponowanych w bazie NCBI sekwencji aminokwasowych znanych białek za pomocą programu BLAST P (Podrozdział 1.6.3). Potencjalne domeny białkowe wykrywano przy pomocy programu HMMER wyszukującego ukryte modele Markowa [https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer] (Podrozdział 1.6.4). Narzędzia BLAST N (Podrozdział 1.6.3), również dostępnego na stronie NCBI, używano do wykonywania globalnego dopasowania sekwencji nukleotydowej genomu badanego bakteriofaga do zdeponowanych w bazie sekwencji nukleotydowych oraz do dopasowania sekwencji badanego genomu z sekwencjami nukleotydowymi genomów znanych bakteriofagów Serratia. Fragmenty genomu badanego bakteriofaga, które wykazywały homologię z sekwencjami nukleotydowymi genomów znanych bakteriofagów Serratia analizowano z użyciem narzędzi: Serial Cloner, w którym zaznaczano i kopiowano sekwencje homologiczne na podstawie koordynatów podanych przez BLAST N oraz BLAST X, dzięki któremu przewidywano funkcje produktów białkowych genów zawartych w tychże sekwencjach.
Dodatkowe informacje o autorach i źródle znajdują się na stronie dyskusji.