Przejdź do zawartości

Wstępna charakterystyka bakteriofaga Serratia φOS10/Materiały

Z Wikibooks, biblioteki wolnych podręczników.
  • Zawiesina cząstek fagowych, wyizolowanych z biofilmu pozyskanego ze sztolni Gertruda z nieczynnej kopalni w Złotym Stoku [Radlińska, dane nieopublikowane].
  • Escherichia coli Top10F’: F′ [lacIq, Tn10(TetR)] mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) φ80lacZΔM15 ΔlacX74 recA1 araD139 Δ(ara-leu)7697 galU galK rpsL(StrR) endA1 nupG
  • szczepy Serratia spp. OS10 oraz W54 (kolekcja Pracowni Analizy Skażeń Środowiska Uniwersytetu Warszawskiego)


Tabela 5. Wykaz starterów wykorzystywanych w reakcjach PCR przeprowadzanych w niniejszej pracy. Małymi literami zaznaczono sekwencje dodane, niewystępujące w genomie faga, które zawierają miejsce restrykcyjne umożliwiające klonowanie amplifikowanego DNA.
Nazwa startera Sekwencja startera Długość (nt)
mOS10f gttgttcatATGGCCTATCAACTTATCTATGC 32
mOS10r gttgttctcgagGTAGTTCTCTTGCTGTGCTAC 33
cosOS10f CACCGTGCTCGTATACGTAC 20
cosOS10r GTTACCTGACTTGTTACCCGAG 22
  • pUC19: AmpR; ori pMB1, lacZ; MCS; 2,7kpz [ThermoScientific]
  • wzorzec wielkości fragmentów DNA GeneRuler™ DNA Ladder Mix 100-10000 bp [ThermoScientific]
  • podłoże płynne LB (ang. Lysogeny Broth): 20 g LB Difco Broth na 1000ml H2O [Bacton]
  • podłoże półpłynne LB: płynne podłoże LB zestalone agarem do końcowego stężenia 0,7%
  • podłoże stałe LB: płynne podłoże LB zestalone agarem do końcowego stężenia 1,5%

Uzupełnienie podłóż:

  • ampicylina: roztwór 100 mg/ml (w/v) – stężenie końcowe 150 µg/ml
  • IPTG: roztwór 1 M – stężenie końcowe 0,5 mM
  • X-gal: roztwór 40 mg/ml – stężenie końcowe 40 µg/ml


  • bufor TBE: 1,35 M Tris; 0,45 M kwas borowy; 25 mM EDTA (5x stężony)
  • roztwór bromku etydyny (stężenie 10 mg/ml) do uwidocznienia DNA w żelach agarozowych
  • roztwór obciążnikowy: 0,25% błękit bromofenolowy; 30% glicerol
  • żel agarozowy (0,8%): agaroza 0,8 g/100 ml (w/v) w 1x stężonym TBE
  • 100 mM NaCl; 10 mM MgSO4; 50 mM Tris-HCl (pH 7,5)
  • bufor TFB I: 100 mM RbCl, 50 mM MnCl, 30 mM octan potasu, 10 mM CaCl2, 15% glicerol, pH 5,8 ustalone przy użyciu rozcieńczonego kwasu octowego
  • bufor TFB II: 10 mM MOPS, 75 mM CaCl2, 10 mM RbCl, 15% glicerol, pH 6,8 ustalone przy użyciu NaOH
  • 10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, and 0,1 M NaCl
  • 10 mg/ml DNaza (wodny roztwór) [Sigma-Aldrich]
  • 10 mg/ml RNaza (wodny roztwór) [Panreac AppleChem]
  • endonukleazy restrykcyjne, w buforach wskazanych przez producenta [ThermoScientific]
  • Fragment Klenowa polimerazy I [ThermoScientific]
  • ligaza faga T4, w odpowiednim buforze do ligacji wskazanym przez producenta [ThermoScientific]
  • polimeraza DNA faga T4 [ThermoScientific]
  • polimeraza DNA Phusion [ThermoScientific] wraz z odpowiednim buforem (High Fidelity Buffer 10x) wskazanym przez producenta
  • proteinaza K [A&A Biotechnology]
  • 10 mM ATP
  • 10 mM dNTP mix [ThermoScientific]
  • CaCl2, 1 M roztwór wodny (do końcowego stężenia 2 mM)
  • chloroform [Poch]
  • etanol 70% [Poch]
  • izopropanol [Poch]
  • jałowa woda
  • mieszanina fenol-chloroform 1:1 [Carl Roth]
  • NaCl [Poch]
  • SDS, roztwór 10% [Poch]
  • Tris-HCl roztwór (pH 7,5)
  • wodny roztwór glikolu polietylenowego (PEG4000 10x) 50% (w/v) [Carl Roth]
  • zestaw do izolacji plazmidowego DNA Plazmid Miniprep AX [A&A Biotechnology]
  • zestaw do oczyszczania po reakcji PCR Clean-up [A&A Biotechnology]
  • zestaw do reizolacji z żelu agarozowego Gel-out [A&A Biotechnology]
  • aparat do zdjęć z lampą UV GeneSYS
  • aparat poziomy do elektroforezy w żelach agarozowych [Sigma]
  • Eppendorf Centrifuge 5415D
  • Eppendorf Centrifuge 5415R
  • Eppendorf Centrifuge 5804R
  • łaźnia wodna z termostatem
  • spektrofotometr NanoDrop [ThermoScientific]
  • spektrofotometr UVmini-1240 [Shimadzu]
  • termocykler [BioRad]
  • termomixer compact [Eppendorf]
  • wytrząsarka
  • ARAGORN (Podrozdział 1.6.7) [Laslett & Canback, 2004]
  • Artemis (Podrozdział 1.6.2) [Rutherford i in., 2000]
  • Blast N (Podrozdział 1.6.3) [Altschul i in., 1990]
  • Blast P (Podrozdział 1.6.3) [Henikoff & Henikoff, 1992]
  • Blast X (Podrozdział 1.6.3) [Altschul i in., 1997; Johnson i in., 2008]
  • HMMER (Podrozdział 1.6.4) [Rekapalli i in., 2009; Walters i in., 2007]
  • Libre Office Calc
  • Libre Office Writer
  • Microsoft Word 2007 (licencja nr M682C-7HJCP-MQTV7-FQ242-6X9XM)
  • RAST (Podrozdział 1.6.1) [Aziz i in., 2008; Brettin i in., 2015; Overbeek i in., 2014[1]]
  • Serial Cloner (Podrozdział 1.6.6) [Chandrakanth i in., 2010; Perez, 2004]
  • Virfam (Podrozdział 1.6.5) [Lopes i in., 2014]



Tekst udostępniony jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa-Na tych samych warunkach 3.0.
Dodatkowe informacje o autorach i źródle znajdują się na stronie dyskusji.
  1. Przypis własny Wikiźródeł Błąd w druku; powinno być – Overbeek i in., 2013.